عمل خان في بداية مشواره مع الشركة العامة للإنتاج السينمائي العربي في بداية ستينيات القرن الماضي، ثم دخل إلى عالم الإخراج ليصبح واحدا من أبرز مخرجي الواقعية الجديدة، ضمن جيل ضم عاطف الطيب ورأفت الميهي وأحمد النحاس.

ويحتل فيلم "زوجة رجل مهم" الذى أخرجه محمد خان عام 1987 مكانة بارزة في تاريخ الإنتاج السينمائي، ورغم أنه شريط سينمائي يروي قصة درامية، وثق خان في هذا الفيلم حدثا سياسيا مهما هو الانتفاضة التي شهدتها مصر في منتصف عصر الرئيس أنور السادات.

وأثبت خان، مع كاتب الفيلم رؤوف توفيق، أن الحدث كان "انتفاضة شعبية" ولم يكن "انتفاضة حرامية" كما كان السادات يكرر دائما.

كما يعد فيلم "أيام السادات" واحدا من الأعمال البارزة التي قدمها خان في مسيرته، وقدم خلاله، عبر الممثل العملاق أحمد زكي عام 1981 .